Bom tarde Cleomar.
Ninguém pode, em tese, deixar de contratar outra pessoa em razão desta estar respondendo a um processo criminal, uma vez que a Constituição Federal impede a discriminação de alguém enquanto não houver o trânsito em julgado da decisão.
No entanto, as empresas poderão solicitar ficha de antecedentes criminais, ou até mesmo fazer uma busca pelo nome do candidato junto aos sistemas dos Tribunais, para saber se há algo que pese desfavoravelmente.
Assim, acredito que, em havendo alguma informação, a empresa poderá não efetuar a contratação, mas alegando outros motivos.

Boa tarde Wilson. Nestes casos em que há o mau comportamento do funcionário e a utilização da religião como razão para tal procedimento, poderá o patrão demitir o funcionário por justa causa de acordo com um dos itens constantes do art. 482, CLT, como mau procedimento, desídia no desempenho das respectivas funções, ato de indisciplina ou insubordinação ou até mesmo ato lesivo contra a honra de qualquer pessoa. Neste sentido é o artigo que anteriormente publiquei aqui no JusBrasil, falando sobre assédio moral no ambiente de trabalho causado por religiosos (http://lucasperon.jusbrasil.com.br/artigos/162911833/limites-ao-proselitismo-assedio-moral-no-ambiente-de-trabalho), citando o caso de uma funcionária que constrangia outra com seus apelos religiosos, tendo sido demitida por causar assédio moral.
Nem a contratação e a demissão podem se dar de forma discriminatória, mas nada impede que haja a demissão de um funcionário que, por razões religiosas, esteja constrangendo os demais e afetando o ambiente de trabalho.

Dr. Yuri, obrigado pela participação. Concordo que não se pode haver interpretação extensiva a tipos penais. No entanto, o caput do artigo quarto não faz qualquer referência a casos específicos, incluindo-se, pois, na interpretação sistemática e topográfica disposta no corpo da lei.
A lei em comento, em seu artigo primeiro, diz que "serão punidos, na forma desta Lei, os crimes resultantes de discriminação ou preconceito de raça, cor, etnia, religião ou procedência nacional", sendo que aquele que obstar o emprego de alguém em empresa privada em decorrência de discriminação religiosa incorre nas penas previstas, bem como aqueles que o fizerem em decorrência de raça, conforme dito no parágrafo primeiro.
De se atentar, ademais, para o fato de que o parágrafo primeiro e seus incisos tem sua redação posterior a edição da Lei em comento, não trazendo qualquer derrogação, revogação ou interpretação diversa da que lhe era dada, mas, por se tratar do Estatuto da Igualdade Racial (Lei 12.288/10), traz especialidade na discriminação racial, acrescendo o corpo do tipo penal antes previsto. Trata-se de inclusão de uma nova forma de discriminação na contratação de empregados no setor privado, aumentando o rol de crimes previstos na Lei 7.716/89 e reforçando a ideia da proibição de discriminação por raça e cor. O reforço dado pela inclusão deste parágrafo primeiro está vinculado às ideias de políticas públicas de combate ao racismo, o que não tira a sua necessidade de reafirmação, mas, de forma alguma, derroga o cometimento de crime em função da discriminação por motivações religiosas.
Há pouquíssima jurisprudência na análise do artigo quarto, mas existem alguns poucos processos em que houve ao menos a denúncia com a tipificação por discriminação religiosa, nos termos deste artigo.
Outrossim, a redação de nossa legislação muitas vezes não é feliz, e já há vozes requerendo a inclusão de novos tipos de discriminação na Lei 7.716/89, como a discriminação por orientação sexual.

Carlos, boa noite. A sua pergunta é muito boa e possui um desenrolar interessante. De um lado, o patrão deverá atentar para as exigências da profissão, todo um arcabouço ético correspondente ao serviço prestado e ao perfil da empresa (roupas, conduta dentro e fora da empresa, palavreado, etc.). Não havendo qualquer incompatibilidade na conduta do empregado com o serviço que deve ser desenvolvido, não ocorrerá qualquer problema. De outro ponto, a questão de um funcionário muçulmano não precisa gerar tantos problemas assim. As exigências religiosas de se rezar não impedem que o funcionário permaneça no trabalho e continue efetuando suas atividades normalmente. O que aparenta ser diferente muitas das vezes é a forma com que a reza é realizada, pois o muçulmano se ajoelha e curva-se em seu tapete, voltado para Meca, e faz a sua oração. No entanto, o tempo que se toma para realizar as orações não são demasiadamente longos, bem como durante o período de trabalho é provável que o funcionário tenha de realizar sua oração apenas uma única vez, pois os cinco momentos que deverá parar para rezar são no início da manhã (Fajr); ao meio dia (Zuhr); a tarde (Asr); crepúsculo (Maghrib); e noite (Icha). Se considerarmos uma jornada de 8 horas diárias, com intervalo de 1 horas de almoço, é bem provável que apenas durante a oração da tarde o funcionário tenha de parar por alguns instantes. Não havendo incompatibilidade entre o trabalho e a religião do funcionário, não haverá razão para discriminação ou demissão.
No entanto, se o funcionário deixar de prestar o serviço de forma correta, deverá o empregador analisar uma das hipóteses do art. 482, CLT, demitindo-o por justa causa.

#RespostaPremiada
A Lei 11343/06 integra o ordenamento jurídico tipificando condutas criminosas. Desta feita, o seu art. 28, inserido no Capítulo III - dos crimes e das penas, da lei citada, tipifica uma conduta criminosa passível de uma pena. Não há dúvida, portanto, que as medidas elencadas nos incisos do art. 28 tratam-se da pena aplicável ao agente que cometer qualquer das ações tipificadas em seu caput. Não obstante, com a implementação de uma política de descarceirização, por considerar que tais tipos não possuem periculosidade social relevante, as penas que são aplicadas ao agente são as medidas mencionadas nos incisos e parágrafos do artigo. Logo, as medidas que são tratadas no art. 28 referem-se às penas aplicáveis.